작업 상태 메시지를 통해 해당 모듈의 계산이 정상적으로 수행되었는지 여부를 판단할 수 있습니다.
해당 계산이 성공적으로 종료되었습니다. Quantum Espresso를 통한 DFT 계산의 경우, 에너지 모듈을 추가했을 때 마지막 scf step이 설정해 준 max scf step에 도달했다면 원본 데이터를 열어 에너지 수렴이 완료되었는지 확인해야 합니다. 에너지 수렴에 실패했다면 restart job 문서를 참고하십시오. LAMMPS를 통한 MD 계산의 경우 'Result' 탭에서 결과를 확인할 수 있습니다. 'Custom' 템플릿의 경우 'Movie' 모듈과 'Energy' 모듈을 추가 및 연결하여 결과를 확인할 수 있습니다.
작업이 아직 진행 중입니다. Job submit을 누른 직후부터 계산이 종료되기 직전까지 볼 수 있는 메시지입니다. 작업이 종료되면 이 메시지는 다른 메시지로 바뀌게 됩니다.
상단 내비게이션 바의 대시보드에서 작업을 중단했을 때 나타나는 상태 메시지입니다. Restart job 문서를 참고하여 계산을 재시작할 수 있습니다.
어떠한 문제로 인해 계산에 실패하면 이 메시지가 나타납니다. 계산 모델에 문제가 없는지, input script 설정에는 문제가 없는지 다시 확인하십시오. 또는, 잘못된 병렬 조건에 의해 계산이 실패할 수도 있습니다. Input script 설정에 대한 정보는 Appendix 또는 해당 계산 패키지의 공식 문서를 참고하십시오.
Data 페이지에서 해당 계산의 'job.stdout' 혹은 CRASH 파일을 참고하면 해당 오류에 대한 자세한 정보를 알 수 있습니다. Crash 메시지에 대한 정보는 Crash 메시지 (Quantum Espresso) , Crash message (LAMMPS) , Crash message (GAMESS) 를 참고하십시오.
계산 중 문제가 발생할 경우, Quantum Espresso는 문제 발생 원인이 담긴 'crash' file을 생성합니다. 보다 자세한 오류 원인은 output 파일인 'job.stdout'에서 확인할 수 있습니다. Job id를 눌러 해당 계산에 대한 원본 데이터를 확인하십시오.
- Cannot open restart file
- Cannot project on zero atomic wavefunctions
- Cannot remap grid on k-point list
- Could not find namelist
- D_S (l=2) for this symmetry operation is not orthogonal
- Dimensions do not match
- Error opening xml data file
- Error while reading crystal k points
- Gamma_only case not implemented
- nb less than the number of proc
- No plane waves found
- Not enough space allocated for radial FFT
- Not orthogonal operation
- Problems computing cholesky
- pw.x run with a different number of procs/pools.
- Smooth g-vectors missing
- Some of the original symmetry operations not satisfied
- Too many g-vectors
- Too many r-vectors
이 문제는 Restart 계산 시 필요한 파일이 없기 때문에 발생합니다. SCF나 Relax, vc-relax로 Restart 계산을 수행할 때는 원래 계산의 종료 시점에서 계산을 이어서 진행하는 것이기 때문에, restart 시 input 조건을 다르게 설정했을 경우 기존 계산에서 생성된 파일과 새 계산에서 필요한 파일에 차이가 발생하게 되어 이러한 문제가 발생합니다.
사용한 pseudopotential file이 atomic wavefunctions data를 갖고 있지 않아서 DOS 계산에 필요한 데이터가 없기 때문에 발생하는 오류입니다. 다른 pseudopotential 파일을 사용하십시오. Pseudopotential을 변경하려면 Quantum Espresso 문서의 ⑦ Pseudopotential 항목을 참고하십시오.
'occupation = "tetrahedra"'로 설정했을 때는 k-points 옵션을 {automatic} 으로 설정해야 합니다. {automatic} 옵션은 Brillouin zone에서 k-point를 균등하게 sampling하는 Monkhorst's pack 방법을 의미합니다.
Input script가 필요한 정보보다 더 적은 정보를 포함하고 있습니다. scf (default) calculation은 &control, &system, &electron namelist가 필요하며, relax calculation은 &ions namelist를 추가해야 하며, vc-relax calculation은 &ions, &cell namelist를 더 추가해야 합니다.
Input script 설정에 대한 정보는 Quantum Espresso input description 또는 appendix 를 참고하십시오.
계산 중 구조의 대칭성이 유지되지 않을 경우 이와 같은 문제가 발생합니다. 일반적으로 hexagonal 구조에서 발생하며, Structure builder의 'PRIMITIVE' 기능을 이용하면 구조에 큰 변형을 가하지 않고도 문제가 해결될 수 있습니다. 이러한 방법으로 문제가 해결되지 않는 경우, 다른 구조를 사용하는 방안을 고려하십시오.
이 오류는 연결된 Quantum Espresso 계산과 restart Quantum Espresso 계산에서의 평면파 개수가 달라 restart 계산을 수행할 수 없는 경우 발생합니다. 평면파 개수에 차이가 있는 경우 기존 계산된 potential 및 파동함수 파일을 사용하여 계산을 진행할 수 없습니다. 이전 계산에서 사용하였던 동일한 셀 및 원자 구조로 새로운 계산을 수행하는 것이 좋습니다.
Restart 계산에서 발생하는 오류입니다. Restart Quantum Espresso module에서의 input script가 연결된 Quantum Espresso 모듈과 다르거나, restart를 위해 파일 복사를 수행할 때 오류가 있었을 수 있습니다. Input script를 확인하고 재시도하십시오.
K-POINTS card에 쓰여진 텍스트가 잘못되었을 때 발생하는 오류입니다. Input script의 k-point 카드를 확인하십시오.
K-point 옵션이 {GAMMA}로 선택되어 있는지 확인하십시오. 어떤 계산은 gamma k-point에서 수행하지 못할 수 있습니다. {automatic} 등 다른 옵션을 선택하고 새로운 계산을 시작하십시오.
이 오류 메시지는 projwfc.x (DOS) 계산에서 주로 나타납니다. 계산 시 사용한 cpu 수가 총 band 수보다 적으면 발생합니다. Quantum Espresso 모듈에서 새로운 DOS 탭을 추가하고, Job submit 시 PPN을 줄여서 다시 시도하십시오.
이 오류는 병렬 컴퓨팅 설정이 잘못되었을 때 발생합니다. 노드 당 core 개수 (PPN)를 줄여 계산하십시오.
'cell_factor' 키워드의 값을 더 늘려야 합니다. 기본값은 2.0입니다.
vc-relax 계산은 cell의 starting symmetry를 깨뜨릴 때가 있습니다. 시작 시의 configuration으로부터 계산된 k-point 개수가 새로운 configuration에 더 이상 적합하지 않다면 계산이 종료됩니다. 다음과 같은 해결책을 시도할 수 있습니다.
- start with a nonsymmetric cell
- use a symmetry-conserving algorithm: the Wentzcovitch algorithm
{cell_dynamics='damp-w'} shouldn't break the symmetry.
만일 'cell_dofree' 키워드를 사용하였다면, 다음 pw.x input description의 note를 참고하십시오.
Quantum Espresso 계산 수행 중 grid 설정 시 오류가 발생했을 때 표시됩니다. 어떠한 경우, 같은 input으로 새로 계산을 제출했을 때 같은 문제가 발생하지 않을 수도 있습니다.
샘플링될 grid point가 변경될 수 있도록 다음 사항 변경을 시도해 보십시오.
초기 구조
- Cell parameter
- 원자 위치
초기 조건 (Input script)
- k-point
- Cutoff energy (Ecut(wfc))
- Pseudopotential
병렬 옵션
- Node 당 코어 수 (PPN)
Input script의 &control namelist에 'wf_collect=.TRUE.' 키워드가 누락되지 않았는지 확인하십시오.
이 문제는 주로 vc-relax 계산이나 projwfc 계산에서 볼 수 있습니다. vc-relax 계산에서의 경우, 다른 cell parameter로 변경하여 계산을 재시작하십시오. projwfc 계산에서의 경우, Sturcture builder의 Move 메뉴에서 'inside' 를 클릭하십시오. 이 오류는 'nosym = .FALSE.' 키워드를 추가하여 해결될 수 있지만, 권장되지 않습니다.
초기 구조에 문제가 있을 수도 있습니다.
이 오류는 병렬 컴퓨팅 설정이 잘못되었을 때 발생합니다. core 개수 (PPN)를 줄여 계산하십시오.
이 오류는 input 구조 상에서 원자들이 너무 가까울 때 발생합니다. Bulk 구조인 경우 input script에서 'vdw_corr' 키워드를 제거하면 해결될 수도 있습니다.
LAMMPS 계산이 실패하면, output 파일인 'job.stdout' 파일에 crash가 발생한 이유가 적힙니다. Data page에서 해당 파일을 확인하십시오.
이 오류는 잘못된 Force field file을 사용했기 때문에 발생합니다. 다른 Force field를 선택하여 계산을 진행하십시오.
계산 중 문제가 발생할 경우, output 파일인 'job.stdout' 에 오류 원인이 표시됩니다. Job id를 눌러 해당 계산에 대한 원본 데이터를 확인하십시오.
Output file에 위 메시지 또는 유사한 문구가 포함된 메시지가 있는 경우 수렴에 실패한 것입니다. 다음 해결책을 시도하십시오. 1) 다른 초기 구조를 사용하여 계산을 수행하십시오. 특히 NEB 계산의 경우, 모든 NEB image는 먼저 geometry optimization을 수행하는 것이 권장됩니다.
2) 수렴 조건을 완화하여 계산을 수행하십시오.
ⅰ. SCF 알고리즘 수정: Input script의 $SCF 그룹에 수동으로 DAMP=.TRUE. 를 입력 혹은(그리고) SOSOF=.TRUE. 추가
3) 다른 basis set 사용
설정된 메모리 크기가 해당 계산을 수행하기에 충분하지 않습니다. 다음 해결책을 시도하십시오. 1) 새로운 GAMESS 모듈을 추가하고 Input script를 동일하게 설정한 다음 $SYSTEM 그룹의 MWORDS를 250보다 큰 값으로 설정하여 새로운 계산을 수행하십시오. Input script 설정 시, 기존 GAMESS 모듈에서 복사하여 붙여넣을 수 있습니다.
2) DFT로 다룰 수 없는 너무 큰 시스템을 고려하지 않았는지 확인하십시오.
전하 혹은 스핀다중도를 잘못 설정하였습니다. 표시된 전자 개수를 참고하여 Charge를 바꾸거나 Multiplicity를 변경하여 새로운 작업을 제출하십시오.
SCF Type 옵션을 RHF (Default)로 설정할 경우, 스핀다중도는 1 (Singlet)으로 설정되어야만 합니다. SCF Type 옵션을 RHF 이외의 옵션으로 변경하십시오.
- UHF: Unrestricted Hartree Fock calculation
- ROHF: Restricted open shell Hartree-Fock.
Basis set 설정 오류입니다. 1) CUSTOM Basis set일 경우 필요한 정보를 모두 포함하였는지 확인하십시오. ( https://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/GAMESS_Manual/docs-input.txt 에서 $BASIS group 검색하여 확인 가능)
2) MatSQ GUI로 설정한 Basis set일 경우, https://www.basissetexchange.org을 참고하여 해당 basis set이 원하는 시스템의 원소를 모두 지원하는지 여부를 확인하십시오.
$PCM의 Solvent effect = CUSTOM 입력칸에 잘못된 값이 입력되었습니다. 다음 링크 접속 후, 'SOLVNT = ' 텍스트를 검색하여 관련 내용을 참고하십시오. https://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/GAMESS_Manual/docs-input.txt
Force vector 수렴에 실패하였습니다. 1) 다른 초기 구조를 사용하여 계산을 수행하십시오.
2) Hartree-Fock과 3-21G basis set을 사용하여 대강 최적화한 다음, Structure Builder의 MODULE 메뉴를 이용하여 Final 구조를 가져오십시오. 그 후 새로운 GAMESS 모듈을 추가하고, 위 final 구조에 대해 원하는 조건으로 계산을 수행하십시오.
초기 구조가 적절하지 못한 상태입니다. (ex. 원자간 거리가 너무 가까움) 다른 초기 구조를 사용하여 계산을 수행하십시오.
$FORCE의 Temperature (K) 키워드에 잘못된 값을 입력하였습니다. 여러 온도를 배열 형태로 입력 시, 쉼표 (,) 혹은 공백 ( )을 사용하십시오. 절대영도를 입력할 경우 0.001을 입력하십시오.
Hessian 계산 시 오류가 발생하였습니다. 병진, 회전 Normal mode 개수는 5개 (직선형) 혹은 6개 (비직선형)여야 합니다. 다른 초기 구조 또는 계산 조건을 사용하여 계산을 수행하십시오.
RUNTYP=RAMAN으로 Raman 계산을 수행하였으나, 필요한 계산 (Hessian matrix)이 누락되었습니다. $STATPT의 Hessian matrix = CALC로 변경 후 Raman 계산을 수행하십시오. ($STATPT HESS=CALC)
또는, Hessian matrix를 계산한 GAMESS 모듈에 연결하십시오.
RUNTYP=RAMAN으로 Raman 계산을 수행하였으나, 적절한 stationary point를 찾는 데 실패했습니다. Optimization 모듈에 새로운 GAMESS 모듈을 연결하고 Calculation type = Hessian으로 변경하여 Hessian matrix 계산을 새로 수행하십시오. ($CONTRL RUNTYP=HESSIAN)
이후, Hessian 모듈에 다시 새로운 GAMESS 모듈을 연결하고 Raman 계산을 수행하십시오.
입력한 전이상태 구조에서 imaginary frequency 탐색이 불가능합니다. 다른 초기 구조를 사용하여 계산을 수행하십시오.
TDDFT 계산 오류입니다. 1) 초기 구조 optimization 후, 새 GAMESS 모듈을 추가하고 Optimization GAMESS 모듈에 연결하여 TDDFT 계산을 수행하십시오.
2) 초기 조건 변경 후 새로운 계산을 수행하십시오.
들뜬 상태 계산에 필요한 Z-VECTOR 수렴에 실패하였습니다. 1) 초기 구조 optimization 후, 새 GAMESS 모듈을 추가하고 Optimization GAMESS 모듈에 연결하여 TDDFT 계산을 수행하십시오.
2) 초기 조건 변경 후 새로운 계산을 수행하십시오.
NEB 구조 (image)를 만들 때, 원자 순서 설정에 오류가 있습니다.
만일 Initial, intermediate (via point), final image에서 원자 순서가 바뀔 경우 해당 원자가 reaction 중 원소가 바뀐 것으로 인식되어 오류가 발생합니다.
뒤바뀐 순서의 원자들이 같은 원소더라도, 반응경로에서 좌표 충돌이 발생할 수 있으므로 주의하십시오. Structure Builder의 EDIT 메뉴를 이용해 원자 순서를 확인하고 변경하십시오. 원자 순서는 ID 좌측의 ▲, ▼를 클릭하여 변경 가능합니다.
Visualizer에서 특정 원자를 선택한 다음, Structure list에서 구조를 변경하며 선택된 원자가 reaction 중 정상적인 진행 경로를 가지는지 확인하는 것도 좋습니다.
IRC 계산에 적절하지 못한 구조 혹은 초기조건을 사용하였습니다. 1) 다른 초기 구조를 사용하여 IRC 계산을 수행하십시오.
2) $IRC 그룹의 MXOPT를 큰 값으로 설정하여 새로운 계산을 수행하십시오.
IRC 계산에 적절하지 못한 구조 혹은 초기조건을 사용하였습니다. 다른 초기 구조를 사용하여 IRC 계산을 수행하십시오.